Köping har en av Sveriges innersta djuphamn och tillsammans med Västerås hamn bildas bolaget Mälarhamnar.
Köpings hamn är helt avgörande för Yara och Nordkalks anläggningar som får sina råvaror via sjöfart och de är geografiskt placerade vid hamninloppet till Köping. Även andra företag använder hamnen, som t ex Lantmännen för spannmålstransporter och järnmalm från Bergslagen fraktas ut från hamnen i Köping. Förhållandet mellan in- och utgående gods är ca 80/20 vilket gör att det finns en onyttjad resurs när det gäller transporter ut från hamnen.
2010 togs ett beslut om att öka kapaciteten i slussen i Södertälje och muddra farleden i Mälaren vilket kommer att öka transportkapaciteten på Mälaren med 30 procent. Diskussioner pågår med Eskilstuna Logistikpark om ett utvidgat samarbete vilket kompletterar deras utbud med ytterligare ett transportslag och fyller på fartygen ut.